Para que estes impostos sejam adicionados e calculados em seu pedido sempre de maneira automática é preciso inseri-los no cadastro dos produtos, para basta acessar o menu:
Cadastros>Produtos>Todos os Produtos:
Encontre o produto que irá adicionar no pedido e acesse cadastro para editar:
Clique em Classificação NF-e, insira as alíquotas na seção PIS e COFINS e clique em atualizar para salvar:
Sempre que adicionar este produto em um pedido, o PIS e COFINS vão ser adicionados.
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